Üniversitemiz Kimya Bölümünde, analitik kimya, anorganik kimya, biyokimya, fizikokimya ve organik kimya olmak üzere 5 anabilim dalında doktora eğitimi verilmektedir. Doktora programına başvuru şartlarına Fen Bilimleri Enstitüsünden (https://fbe.gop.edu.tr/Default.aspx?d=tr-TR) ulaşılabilmektedir. Doktora programı , tezli yüksek lisans derecesi ile kabul edilmiş öğrenciler için 21 krediden ve 240 AKTS den az olmamak şartıyla bilimsel araştırma ve yayın etiği zorunlu dersi dahil en az 7(yedi) ders, 2 (iki) seminer dersi, uzmanlık alan dersi ve tez çalışmasını içeren derslerden oluşur. Doktora programını başarıyla tamamlayan öğrenciye doktora diploması verilir.